近年来，生物物理学家对此提出质疑。其理由是，超声对固体和液体均有很强的穿透能力。高强度的脉冲超声波在含有微米级的小气泡的液体中传播时，可导致气泡收缩、膨胀以及猛烈的爆炸，称为“空化现象”。瞬态空化作用时，靠近爆炸气泡附近的细胞会受到损伤。
一般地说，在人体内大多数器官中，损伤少量细胞不会产生危害。但对正在发育敏感期的胚胎和胎儿，即使只是损伤几个细胞也是不允许的。国外研究人员发现，孕妇进行B超检查时，子宫内胎儿的活动比平时增加。
我国学者在研究中还发现，孕早期超声诊断影响绒毛细胞内的生化代谢，并使蜕膜组织的多疫反应减弱。这些变化对胎儿的生长发育无疑会产生不利影响。
最近，国内有研究表明：诊断时超声照射早孕妇女20分钟以上，绒毛SCE明显上升。专家认为，SCE频率升高是染色体DNA受损的敏感指标，表明细胞遗传物质受到损害。毛细胞含有与胚胎及胎儿同样的遗传信息，它维系着早孕胚胎的发育，绒毛细胞受损，势必危害胚胎的发育。
近年来，由于超声诊断仪种类增多，功率大，频率高，并且超声应用已呈现早期化和多次化的特点，尤其扩展到对卵、胚胎发育期进行监测。在器官形成的早期胚胎阶段，对物理、化学刺激都很敏感，故怀孕早期应用超声诊断会对胎儿引起不良反应。
因此，早孕妇女应慎用B超。不必要做则尽量不做，确实需要时，也应严守最小剂量原则，尽可能减少超声波的强度，缩短检查的时间。
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