绩效考核工资被全部扣除是违规的，绩效工资是通过考核员工进行分配的工资。
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一、绩效全扣合法么
用人单位可以制定相关工作制度，如果员工有过错可以扣绩效，并不违法。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》第六十二条用工单位应当履行下列义务：
（一）执行国家劳动标准，提供相应的劳动条件和劳动保护；
（二）告知被派遣劳动者的工作要求和劳动报酬；
（三）支付加班费、绩效奖金，提供与工作岗位相关的福利待遇；
（四）对在岗被派遣劳动者进行工作岗位所必需的`培训；
（五）连续用工的，实行正常的工资调整机制；
用工单位不得将被派遣劳动者再派遣到其他用人单位。
二、单位克扣工资该怎么认定
如果用人单位克扣或者无故拖欠劳动者的工资，按相关政策规定，用人单位除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬２５％的经济补偿金。对“克扣”一词，应做进一步的理解：在劳动者已经为用人单位提供了正常劳动的前提下，用人单位无正当理由扣减劳动者的工资。
三、工资争议由谁举证
劳动争议调解仲裁法第三十九条第二款规定：“劳动者无法提供由用人单位掌握管理的与仲裁请求有关的证据，仲裁庭可以要求用人单位在指定期限内提供。”用人单位在指定期限内不提供的，应当承担不利后果。
最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（一）第１３条特明确规定：因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任。
劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知中规定：“工资支付凭证、社保记录、招工招聘登记表、报名表、考勤记录由用人单位负举证责任”。
用人单位可以制定相关工作制度，如果员工有过错可以扣绩效，并不违法，用工单位应当履行下列义务：执行国家劳动标准，提供相应的劳动条件和劳动保护；
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绩效考核工资不可以被全部扣除，绩效工资是通过考核员工进行分配的工资，一般包括指标完成、质量考核、安全考核等各方面，应该是奖金部分，不应该与基本工资挂钩。
绩效工资是通过考核员工进行分配的工资，一般包括指标完成、质量考核、安全考核等各方面，应该是奖金部分，不应该与基本工资挂钩。可以申请劳动仲裁，因劳动报酬引起的劳动争议是属于劳动仲裁范畴的。
法律依据：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》 第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
公司把绩效全部扣完了不合法，劳动者和用人单位建立劳动关系后，用人单位不得非法或变相对劳动者进行罚款，用人单位非法克扣劳动者的工资属于违法行为，企业以罚款条数来扣绩效工资是不合法的。
法律依据:
《中华人民共和国劳动法》
第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的.工资。
第九十一条 用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；(四)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
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“扣绩效工资”是否违反劳动？
1、“扣”字的全称是“克扣”。劳动法中“工资应当以货币形按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”，
2、“不得克扣”。那么什么算“克扣”？
国家对“克扣”也有明文规定。 根据国家《工资支付暂行规定的补充规》中第三条的规定：
“扣”系指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资（即在劳动者已提供正常劳动的前提下用人单位按劳动合规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报）。
不包括以下减发工资的情况：
（1）国家的法律、法规中有明确规定的；
（2）依法签订的劳动合同中有明确规定的；
（3）用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的`；
（4）企业工资总与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的（但支付给劳动者工资不得低于当地最低工资标）；
（5）因劳动者请事假等相应减发工资等。
按照上述五条减发工资，就是合规的；除此外，无正当理由扣减劳动者应得工资的，就是违规的。
绩效工资是奖金的另一种称呼，是指单位在基本工资之外额外支付的工资，所以因为员工工作原因全部扣除绩效工资是合理合规的。是否合法应由以下因素决定：
1、关于扣减绩效的规定是否经过职代会或者全体职工大会通过，假如没有，这项规定就不合法。《劳动法》和《劳动合同法》中有规定。
2、你在入职前公司是否告知你关于绩效工资如何扣减的规定，假如没有，这项规定对你来说不合法。《劳动合同法》中有规定。
3、关于扣减职工绩效工资是否向职工告知并提出绩效改进方案，假如没有虽然合法但不合理。以上三条若公司有一条没有做到你就可以向当地劳动仲裁委员会或者法院提起诉讼。
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