剖宫产与顺产的宝宝在智力上是没有差异的，但是由于剖宫产的整个分娩过程，是违背了正常分娩的顺序，所以所生成产出来的婴儿，在行为及适应能力上会比顺产生产的婴儿稍差一些。另外剖宫产的胎儿未经过产道的挤压，所以肺部的功能发育会比较差。
剖宫产出生的婴儿，易产生新生儿窒息、呼吸窘迫综合症等疾病，有些比较严重的情况，甚至会导致婴儿出生后湿肺、新生儿肺炎等疾病的发生。另外在进行剖腹产的过程中需要注射麻药，而麻药会对人体中的中枢神经系统产生抑制作用，会通过胎盘进入胎儿体内。
剖宫产出生的婴儿的免疫力会比较差，根据调查尤其是男婴会比女婴的免疫力更差些，这是因为控制免疫球蛋白合成的基因，是位于人体X染色体中，女性的这种染色体会比男性的多，所以女婴的免疫力比男婴强。
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