小儿支原体感染主要是肺炎支原体感染引起支原体肺炎。大多起病不甚急，有发热、厌食、咳嗽、畏寒、头痛、咽痛、胸骨下疼痛等症状。体温在37～41℃，大多数在39℃左右，可为持续性或弛张型，或仅有低热，甚至不发热。多数咳嗽重，初期干咳，继而分泌痰液(偶含少量血丝)，有时阵咳稍似百日咳。偶见恶心，呕吐及短暂的斑丘疹或荨麻疹。一般无呼吸困难表现，但婴儿患者可有喘鸣及呼吸困难。
支原体肺炎可合并渗出性胸膜炎及肺脓肿，慢性肺部疾患与肺炎支原体间有一定关系。支原体肺炎可伴发多系统、多器官损害，呼吸道外病变可涉及皮肤黏膜，表现为麻疹样或猩红热样皮疹，偶见非特异性肌痛及游走性关节痛;胃肠道系统可见呕吐、腹泻和肝功损害，血液系统方面较常见溶血性贫血，神经系统表现为多发性神经根炎、脑膜脑炎及小脑损伤等。细菌性混合感染少见。自然病程自数天至2～4周不等，大多数在8～12天退热，恢复期需1～2周。