胎儿畸形导致羊水过多，在很少见的情况下，由于疾病的原因，尽管胎儿的肾脏不断地产生尿液，但胎儿不再能继续吞咽羊水。导致胎儿出现吞咽困难的原因，可能包括幽门狭窄、唇裂、颚裂或某种胃肠道梗阻等。
一些神经障碍也会妨碍胎儿吞咽，比如神经管缺陷或脑积水。妊娠期糖尿病导致羊水过多，如果你患有妊娠期糖尿病，而且没有很好地控制病情，你可能会羊水过多。患有糖尿病的孕妇中，约有10%被诊断出羊水过多，通常是在孕晚期。
羊水过多的发病机制主要是由于消化道闭锁或狭窄，胎儿不能吞咽羊水，或吞咽后吸收缓慢，而胎儿尿量依然如故，导致羊水过多胎儿呼吸道也是羊水代谢的途径之一，呼吸道畸形亦可导致羊水过多但极少见。
腹壁缺损可造成脐膨出、内脏外翻，使腹腔与羊膜腔之间仅有菲薄的腹膜，导致胎儿体液外渗而发生羊水过多。膈肌缺损者称为膈疝，腹腔的内容物通过疝孔进入胸腔，胎肺和食管发育受阻，胎儿吞咽和吸入的羊水减少导致羊水过多。
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