先天性脑发育不全的病因：
一：先天性异常，包括各种原因引起的脑发育异常，如神经管闭合不全致先天性脑积水，脑泡演化发育障碍所致的全前脑及神经移行障碍所致的平脑回畸形，巨脑回畸形以及小多脑回等，包括联合障碍所致的透明隔缺如或发育不全。
二：低体重儿，包括早产未成熟儿，足月小样儿。这些婴儿均不同程度宫内发育迟缓。同时也影响中枢神经系统发育，且常并发室管膜下出血和脑室内出血，后者易引起痉挛性两侧瘫。
三：核黄疸，也是脑发育不良的重要病因，但现在由于围产医学进步，核黄疸引起脑发育不良比例下降。
四：脑缺氧缺血，故凡能造成母体与胎儿间血液循环和气体交换障碍，或导致新生儿动脉低血压，静脉淤血者，均有可能引起脑缺血缺氧，造成大脑损伤而遗留脑发育不良。这此因素包括母亲因素：如患妊娠高血压综合征，心力衰竭，大出血，贫血，休克或吸毒，药物过量等；胎盘异常：如胎盘早剥，前置胎盘，胎盘梗死或胎盘功能不良等；胶带血流阻断；如胶带脱垂，压迫，打结或绕颈等；循环衰竭。
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