1、输卵管炎症
可分为输卵管黏膜炎和输卵管周围炎，两者均为输卵管妊娠的常见病因。输卵管黏膜炎严重者可引起管腔完全阻塞而致不孕，轻者输卵管黏膜黏连和纤毛缺损，影响受精卵的运行受阻而在该处着床。
2、输卵管手术
输卵管绝育术后若形成输卵管再通或瘘管，均有导致输卵管妊娠可能，尤其是腹腔镜下电凝输卵管绝育及硅胶环套术；因不孕接受过输卵管分离黏连术、输卵管成形术，如输卵管吻合术、输卵管开口术等，再次输卵管妊娠的发生率为10%-20%。
3、输卵管发育不良或功能异常
输卵管发育不良常表现为输卵管过长，肌层发育差，黏膜纤毛缺乏。其他还有双输卵管、憩室或有副伞等，均可成为输卵管妊娠的原因。若雌孕激素分泌失常，可影响受精卵的正常运行。此外，精神因素也可引起输卵管痉挛和蠕动异常，干扰受精卵的运送。
4、受精卵游走
卵子在一侧输卵管受精，受精卵经宫腔或腹腔进入对侧输卵管，称受精卵游走。移行时间过长，受精卵发育增大，即可在对侧输卵管内着床形成输卵管妊娠。
5、辅助生育技术
从最早的人工授精到目前常用促排卵药物的应用，以及体外受精—胚胎移植或配子输卵管内移植等，均有异位妊娠发生，且发生率为5%左右，比一般原因异位妊娠发生率为高。
6、其他
输卵管因周围肿瘤，如子宫肌瘤或卵巢肿瘤的压迫，特别是子宫内膜异位症引起输卵管、卵巢周围组织的黏连，也可影响输卵管管腔通畅，使受精卵运行受阻。也有研究认为，胚胎本身的缺陷、人工流产、吸烟等也与异位妊娠的发病有关。
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